Der geschäftsführende Direktor und die stellvertretenden Direktoren werden aus dem Kreis der im Institutsvorstand vertretenen Professoren gewählt und vertreten das Institut in allen internen und externen Angelegenheiten. Sie werden auch als "Institutsleitung" bezeichnet.

Das Schmalenbach Institut ist in Fachgruppen untergliedert. Fachgruppen gestalten die Grundlagenveranstaltungen für alle Bachelorstudiengänge sowie die Schwerpunktveranstaltungen für Bachelor- und Masterstudiengänge. Jede Fachgruppe wählt einen Sprecher und ist im Institutsvorstand vertreten. 

Neben der Institutsleitung, den Fachgruppen und dem Institutsvorstand gibt es noch den Prüfungsausschuss des Instituts, der für prüfungsrechtliche Fragen zuständig ist.